Η χρονική διάρκεια του Προγράμματος για την απονομή του Μεταπτυχιακού Διπλώματος Ειδίκευσης (Μ.Δ.Ε) ορίζεται κατ΄ελάχιστον σε τρία διδακτικά εξάμηνα. Η μέγιστη χρονική διάρκεια ορίζεται σε πέντε διδακτικά εξάμηνα. Σε ειδικές περιπτώσεις η Γενική Συνέλευση Ειδικής Σύνθεσης (Γ.Σ.Ε.Σ) μπορεί να παρατείνει το χρόνο αυτό.
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών απονέμει Μεταπτυχιακό Δίπλωμα Ειδίκευσης στις κατευθύνσεις Πληροφορική στην Ιατρική και Βιοπληροφορική.

Κωδ.	Τίτλος Μαθήματος	Εξ.	Διδάσκων	Υποχρεωτικό		Επιλογής
				Πλ.Ι	ΒιοΠλ.	Πλ.Ι	ΒιοΠλ.
ΥΠ 1	Βιολογία - Φυσιολογία	1ο	Αναστασιάδου (ΙΙΒΕΑΑ) Ξάνθου (ΙΙΒΕΑΑ)	X	X
ΥΠ 2	Αναγνώριση Προτύπων	1ο	Περαντώνης (Δημόκριτος)	X	X
ΥΠ I3	Συστήματα Ιατρικής Απεικόνισης	1ο	Κανδαράκης (ΤΕΙ-Α)	X
ΥΠ I4	Προχωρημένα Θέματα Επεξεργασίας Σήματος	1ο	Καραμπογιάς (ΕΚΠΑ)	X
ΥΠ I5	Μηχανική Μάθηση	1ο	Θεοδωρίδης (ΕΚΠΑ)	X			X
ΥΠ Ι6	Συλλογή και Επεξεργασία Βιοϊατρικών Δεδομένων	2ο	Καλύβας (ΤΕΙ-Α)	X
ΥΠ 7	Ανάλυση και Επεξεργασία Εικόνων	2ο	Καλατζής (ΤΕΙ-Α) Ασβεστάς (ΤΕΙ-Α)	X	X
ΥΠ Ι8	Πληροφορικά Συστήματα Υγείας και Τηλεϊατρική	2ο	Σπυρόπουλος (ΤΕΙ-Α)	X
ΥΠ Ι9	Απεικονιστική Ανατομία	2ο	Οικονόμου (Ιατρός Ακτινολόγος/ΤΕΙ-Α)	X
ΥΠ Β3	Αλγόριθμοι στη Μοριακή Βιολογία	1ο	Χατζηγεωργίου (Φλέμινγκ)		X
ΥΠ Β4	Εισαγωγή στη Βιοτεχνολογία	1ο	Βλάχου (ΙΙΒΕΑΑ) Τσάγκαρης (ΙΙΒΕΑΑ)		X
ΥΠ Β5	Εισαγωγή στη Βιοπληροφορική	1ο	Χατζηγεωργίου (Φλέμινγκ) Βλάχος (ΕΚΠΑ)		X	X
ΥΠ Β6	Οργάνωση Βάσεων Βιοϊατρικών Δεδομένων	2ο	Καρκαλέτσης-Πετάσης-Κριθαρά (Δημόκριτος)		X
ΥΠ Β8	Αλγόριθμοι στη Δομική Βιοπληροφορική	2ο	Εμίρης (ΕΚΠΑ) Χρυσίνα (ΕΙΕ)		X
ΥΠ Β9	Μέθοδοι Μηχανικής Μάθησης στην Υπολογιστική Βιολογία	2ο	Μανωλάκος (ΕΚΠΑ)		X
ΥΠ 10	Διπλωματική Εργασία	2ο-3ο	-	X	X
ΕΠ 1	Ενσωματωμένα Συστήματα	3ο	Μανωλάκος (ΕΚΠΑ)			X	X
ΕΠ 2	Συστήματα Πραγματικού Χρόνου	3ο	Μαρούλης (ΕΚΠΑ)			X	X
ΕΠ 3	Εξόρυξη Γνώσης Βιοϊατρικών Δεδομένων	3ο	-			X	X
ΕΠ 4	Βιοστατιστική	3ο	Λιναρδάτος (ΕΕΤΤ)			X	X
ΕΠ 5	Μέθοδοι Προσομοίωσης στην Ιατρική και Βιολογία	3ο	Σπύρου (ΙΙΒΕΑΑ)			X	X
ΕΠ 6	Μέθοδοι και Εφαρμογές Πληροφορικής στις Νευροεπιστήμες	3ο				X	X
ΕΠ Ι7	Ευφυή Ιατρικά Συστήματα	3ο	-			X
ΕΠ Ι8	Ειδικά Θέματα Σχεδιασμού Δικτύων	3ο	-			X
ΕΠ Ι10	Οργάνωση Υγείας: Θεσμοί ΕΣΥ - Διοίκηση Νοσοκομείων - Βιοηθική - Προσωπικά Δεδομένα	3ο	Σπυρόπουλος (ΤΕΙ-Α)			X
ΕΠ 11	Ειδικά Θέματα Πληροφορικής και Βιοϊατρικών Εφαρμογών	3ο	-			X
ΕΠ 12	Μοριακή Μοντελοποίηση Βιομορίων	3ο	Κούρνια (ΙΙΒΕΑΑ)			X	X
ΕΠ 13	Προσβασιμότητα Πληροφοριακών Συστημάτων και Παγκοσμίου Ιστού	3ο	Κουρουπέτρογλου (ΕΚΠΑ) Πίνο (ΕΚΠΑ)			X	X
ΕΠ 14	Τεχνολογίες Γνώσεων	3ο	Κουμπαράκης (ΕΚΠΑ)			X	X
ΕΠ Β7	Προχωρημένα Θέματα Βιοτεχνολογίας	3ο	-				X
ΕΠ Β9	Ειδικά Θέματα Βιοπληροφορικής	3ο	-				X

 

Το σύνολο των Πιστωτικών Μονάδων (ECTS) που απαιτούνται για την απόκτηση του Μ.Δ.Ε. ανέρχονται σε 90. Κάθε μάθημα αντιστοιχεί σε 6 Πιστωτικές Μονάδες (ECTS), ενώ η Μεταπτυχιακή Διπλωματική Εργασία αντιστοιχεί σε 24 Πιστωτικές Μονάδες. Τα προσφερόμενα μαθήματα διακρίνονται σε υποχρεωτικά μαθήματα και σε μαθήματα επιλογής. Κάθε φοιτητής υποχρεούται να παρακολουθήσει πέντε (5) υποχρεωτικά μαθήματα στο Α΄ εξάμηνο και τέσσερα (4) υποχρεωτικά μαθήματα στο Β΄ εξάμηνο.
Επίσης, σε κάθε κατεύθυνση, κάθε φοιτητής υποχρεούται να επιλέξει και να παρακολουθήσει δύο (2) μαθήματα επιλογής στο Γ΄ εξάμηνο. Τα μαθήματα επιλογής δεν προσφέρονται απαραίτητα όλα κάθε χρόνο καθώς διδάσκονται εκ περιτροπής.
Για τη λήψη του ΜΔΕ οι μεταπτυχιακοί σπουδαστές θα πρέπει να εξεταστούν με επιτυχία σε όλα τα υποχρεωτικά μαθήματα της αντίστοιχης κατεύθυνσης, σε δύο μαθήματα επιλογής, όπως επίσης και να εκπονήσουν με επιτυχία μεταπτυχιακή διπλωματική εργασία. Η Διπλωματική Εργασία αρχίζει το 2ο εξάμηνο (6 ECTS) και ολοκληρώνεται το 3ο εξάμηνο (18 ECTS).
Τυχόν αλλαγές των υποχρεωτικών μαθημάτων και των μαθημάτων επιλογής καθώς και των αντίστοιχων ECTS θα καθορίζονται με απόφαση της Ειδικής Διιδρυματικής Επιτροπής, σύμφωνα με την οικεία νομοθεσία, και θα περιλαμβάνονται στον Κανονισμό του ΔΠΜΣ. Η παρουσία των φοιτητών στα μαθήματα είναι υποχρεωτική.

Σε σπουδαστές πού παρουσιάζουν ελλείψεις στο σχετικό υπόβαθρο είναι δυνατόν να ζητηθεί επιπλέον να εξεταστούν με επιτυχία και σε κάποια από τα ακόλουθα προπτυχιακά μαθήματα του Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του ΕΚΠΑ:

1. Δομές Δεδομένων
2. Ψηφιακή Επεξεργασία Σήματος
3. Ένα μάθημα Προγραμματισμού (C ή C++).